A missão do PPGZOO é formar profissionais com conhecimento diferenciado e atual, capacidade crítica, mentalidade inovadora e com visão estratégica e sólida formação técnica. O objetivo maior é proporcionar ao egresso capacidade para atuar nos diferentes segmentos da produção animal do Brasil e do mundo, desenvolvendo e transferindo tecnologias, tanto para a iniciativa privada quanto para o setor público.

O PPGZOO sempre tem procurado melhorar suas competências e infraestrutura de ensino e pesquisa, contemplando o aprimoramento de seus docentes, estimulando a realização de cursos, estágios e pós-doutoramentos no exterior e a captação de recursos de agências de fomento ou mesmo de empresas privadas, bem como, favorecendo a atuação em grupos de pesquisa intra e inter Universidades. Além disso, o PPGZOO incentiva a participação de docentes e discentes em eventos científicos no Brasil e no Exterior, com auxílio em diárias, passagens e inscrição, fato que tem contribuído significativamente para aumentar a visibilidade e a internacionalização do Programa.