Dez laboratórios oferecem apoio para o desenvolvimento de atividades de pesquisa relacionados às dissertações e teses do PPG EnCiMat. Os laboratórios são administrados por docentes da FZEA/USP e dispõem de recursos oriundos de diferentes agências de fomento, associações de produtores e empresas privadas, condição favorável que facilita o desenvolvimento das dissertações e teses relacionadas com as Linhas de Pesquisa do Programa. Alguns desses laboratórios são multiusuários, facilitando o desenvolvimento do trabalho e a capacitação dos pós-graduandos. Entretanto, todos os laboratórios são abertos para a comunidade acadêmica para a realização de análise e pesquisa.

Os alunos do PPG EnCiMat contam com uma sala de uso exclusivo, com 10 computadores conectados a uma impressora a laser. Adicionalmente, a FZEA disponibiliza, para realização de aulas que necessitam recursos de informática, uma Sala Multimídia com 56 computadores, permitindo a utilização de programas como o SAS, STATISTICA, MATLAB, AUTOCAD, dentre outros, necessários para a adequada formação dos pós-graduandos. Todas as salas de aulas utilizadas no ensino do PPG EnCiMat têm projetor multimídia e um microcomputador em rede. Outro ponto que deve ser destacado é a disponibilização de rede sem fio (USPnet sem fio/Eduroam) para os alunos de Pós-graduação em quaisquer prédios da FZEA-USP (inclusive alojamento e restaurante), permitindo acesso a periódicos, materiais bibliográficos, dentre outros. Mesmo de fora do Campus, a USP possibilita aos alunos a conexão via CISCO, que permite o acesso à rede como se estivessem conectados à rede USPnet e dessa forma acessar os periódicos na íntegra.

A Biblioteca da FZEA-USP é considerada a Biblioteca mais importante da região compreendendo uma área total de 1.453m²; com projeto de expansão aprovado em 2023 para incluir auditório e espaço de convivência. Destaca-se pelo excelente acervo científico nas áreas de Zootecnia, Engenharia de Alimentos, Engenharia de Biossistemas e Medicina Veterinária. A Biblioteca da FZEA/USP, é parte integrante do SIBi – Sistema Integrado de Bibliotecas da USP, funciona de forma sistêmica e tem como missão a busca constante da informação para a satisfação de seus usuários.